真空冷凍干燥技術在生物工程、醫藥工業、食品工業、材料科學和農副產品深加工等領域有著廣泛的應用。藥品冷凍干燥包括西藥和中藥兩部分。西藥冷凍干燥在國內已經得到了一定的發展，很多較大型的制藥廠都有真空凍干機。在中藥方面，目前還只局限在人參、鹿茸、山藥、冬蟲夏草等少量中藥材的凍干，大量的中成藥還沒有采用凍干工藝，與國外差距較大。在生物技術產品領域，凍干技術主要用于血清、血漿、疫苗、酶、抗生素、激素等藥品的生產；生物化學的檢查藥品、免疫學及細菌學的檢查藥品；血液、細菌、動脈、骨骼、皮膚、角膜、神經組織及各種器官長期保存等。
　　
　　冷凍干燥前，先將準備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，使物品完全冰凍結實，方可冷凍干燥。
　　
　　1連接好電源，打開真空凍干機右側黃色電源開關。此時“冷肼”顯示窗開始顯示冷肼的溫度
　　
　　2按一下“制冷機”開關，制冷機開始運轉，冷肼溫度開始降低。為使冷肼有充分的吸附水分的能力，預冷時間應不少于30分鐘；
　　
　　3按一下“真空計”開關，此時真空度顯示為“999”；
　　
　　4預冷結束后，將已經準備好的待干燥物品置于干燥盤中，再將有機玻璃罩蓋上
　　
　　5按下快速充氣閥（位于左前面板）上的不銹鋼按片，聽到咔嚓聲后，將快速充氣閥接嘴拔出來，以自動密封。
　　
　　6按下“真空泵”開關，真空泵開始工作，真空度顯示“999”，直到1000Pa以下，方可顯示實際真空度，冷凍干燥進程開始。注：在真空泵開始工作時，用力下壓有機玻璃罩片刻，有利于密封。
　　
　　7.多歧管型，首先應將橡膠閥關閉（將閥芯長把向上），待真空度達到20Pa以下時將預凍結束的凍干瓶插入橡膠閥下接口，將塑料閥芯向下旋轉180℃.（注意：此時真空顯示會有回升，應在真空度達到20Pa以下時，再裝下一瓶）。
　　
　　8.T型架型首先應將橡膠閥關閉（將閥芯垂直橡膠管），待真空度達到20Pa以下時將預凍結束的凍干瓶插入橡膠閥下接口，將塑料閥芯旋轉90℃。（注意：此時真空顯示會有回升，應在真空度達到20Pa以下時，再裝下一瓶）。
　　
　　二、關機操作
　　
　　1．將快速充氣閥接嘴，插入快速充氣閥座，（壓蓋型需在充氣前順時針轉動手柄以壓緊瓶塞）。同時關“真空泵”電源開關，使空氣緩慢進入冷阱；如需充入惰性氣體，則將惰性氣體的減壓導管連接“充氣口”。
　　
　　2．關“真空計”、“制冷機”，如長期不用應拔掉電源線。
　　
　　3．提起有機玻璃罩，將物品取出、保存，冷凍干燥過程結束。
　　
　　4．冷阱中的冰化成水后，需將水從快速充氣閥出口排出，操作與充氣類同。
　　
　　5．清理冷阱內的水分和雜質，妥善保養設備。真空泵不用時，應蓋上排氣嘴，以防贓物進入。